Да, можно. Нужно в проект добавить новый тип, называется "control". Назовём его MyControl.xaml. Он тоже является типом XAML и редактируется как обычное окно. Там можете создать любую структуру GUI, которая вам нужна (кнопки, чекбоксы, списки, вот это все). Потом возвращаетесь в код главного окна, в которое надо добавить этот control. Создаёте программно новый Control:
MyControl ctrl = new MyControl();
this(или подконтрол окна).Children.Add(ctrl);
После этого ваш новый control появится в главном окне в runtime.
Можно ещё добавлять новый control и визуально, но по моему опыту Visual Studio до 2017 версии неохотно работает в визуальном редакторе с пользовательскими контролами, много глючит и иногда даже требует перезагрузки Visual Studio. 2017-я стоит у меня не так давно, пока не довелось проверить на этот глюк.