Если отличие только в домене, кидаешь сайтмапу для одного сайта, а в Nginx пишешь так.
location ~ \.xml$ {
sub_filter_once off;
sub_filter_types *;
sub_filter_last_modified on;
sub_filter 'site.ru' $host;
}
Вместо site.ru указываешь адрес сайта который вписан в сайтмапе.
Или если всё таки нужно разными файлами
location = /sitemap.xml {
alias /var/www/site.ru/sitemap-$host.xml;
}
Правда второй вариант не пробовал в деле, если не заработает напиши. А вообще рекомендую первый.
Или так
location = /sitemap.xml {
rewrite ^.*$ /sitemap-$host.xml break;
}