Если я правильно понял вопрос, могу ответить так.
Обычно, исходники каждого проекта кладут внутрь папки с виртуальным окружением. Если все ваши проекты находятся в одной папке -- "одноимённые" виртуальные окружения не даст создать файловая система.
Однако, часто делают по-другому. Виртуальные окружения создают внутри папок с проектами, в таком случае все виртуальные окружения обычно "называют" env, а исходники проекта лежат рядом -- в папке src.
Смысл подхода очевиден, в корневой папке каждого проекта у нас в 2 раза меньше папок и файлов. В общем виде так:
- docs -- документация проекта
- env -- виртуальное окружение
- requirements -- папка или файл с зависимостями
- src -- исходный код вашего проекта
Если мы используем Git, то чтобы не включать в репозиторий файлы виртуального окружения, в .gitignore мы прописываем всего лишь одну строку:
env/
Вместо вот этой ереси:
bin/
include/
lib/
lib64
share/
pip-selfcheck.json
pyvenv.cfg
Как недостаток, путь до виртуального окружения на 4 символа длиннее:
source env/bin/activate
В остальном, не вижу особой разницы как называть и где размещать виртуальные окружения. Виртуальное окружение -- это просто папка с настраиваемой Python-песочницей.
Делайте так, как Вам привычнее и/или удобнее.