Планируется завести несколько виртуалок под Xen на дебиане или серверной убунте.
Хочется сделать один раздел /usr для всех виртуалок (и, может быть даже, /bin /sbin /lib).
Какие грабли тут могут возникнуть?
Пока вижу только одни:
добавление/обновления какого-нибудь пакета могут привести к изменениям в /etc и /var котрые надо будет как-то хитро переносить в другой раздел.
Попробуйте использовать сжатие на уровне ФС (что-нибудь вроде fusecompress). У вас будет много одинаковых файлов, поэтому можно надеяться на хорошее сжатие.