В добавок к тому, что сказал nerudo — FTDI чипы позволяют использовать их не как конвертер USB-UART, а в так называемом BitBang режиме — по факту, как параллельный порт. Так, например, использует FTDI программа для управления станком с ЧПУ Mach версии 2 и 3. Так же FTDI используется в качестве ISP программатора. В этом случае — только FTDI.
В случае же, если нужен преобразователь USB-UART — без разницы что использовать.
Для прошивки Arduino нужен преобразователь, у которого кроме Rx, Tx, есть ещё сигнал DTR, который используется для автоматического сброса Arduino при заливке прошивки. Можно и не использовать этот сигнал, но тогда резет надо будет нажимать руками в нужный момент.