которые имеются на сайте перестали быть регистрозависимыми
Вы ошиблись) Правильно: "перестали быть регистроНЕзависимыми".
Не поможет NC никак: пути у Вас ищет *никс в регистрозависимом режиме.
Если исправлять - то только внутри скриптов или приводите все папки в соответствие с их именами при обращении из скрипта. (ссылки - формируют скрипты же...)