Попробуйте сделать Unprovision и Provision через Powershell для поискового сервиса, сборосить индекс и сделать полный обход контента, должно помочь, если же не помогло проверьте сервисные учетные записи для поисковой службы, если опять не помогло придется пересоздать поисковый сервис. Еще есть такая вещь как ресурсы поисковому сервисы нужно мин. 4 ГБ памяти для всех НОД+ нагрузка на БД, при большом количестве контента, процессинг может достигать > 12 ГБ + БД, посмотрите что у вас может просидать.