2 варианта.
1. Javascript. По умолчанию визуально скрываете метабокс (CSS). При выборе чекбокса в метабоксе категорий проверяете его значение, если оно совпадает с нужным - показываете метабокс, если нет - прячете. Плюс - работает "на лету", даже с черновиками, нет необходимости сохранять запись чтобы увидеть результат.
2. PHP. Хукаетесь в
do_meta_boxes, проверяете есть ли нужная вам категория у записи, если нет - делаете
remove_meta_box() для вашей таксономии. Плюс - метабокс не выводится вообще, если он не нужен. Минус - записи сначала надо присвоить категорию и сохранить, чтобы метабокс появился.