Решил начать их использовать по полной
Помните поговорку про того, кто лоб расшибёт?
Использовать нужно не "по полной", а "по необходимости".
Любой индекс замедляет вставку (не так уж сильно, но на млн. записей - ощутимо), и тратит не столько диск (это фигня), сколько память (что тоже недорого, но просто её нужно будет докупить).
Зато индексы нередко в 10-ки/100-ни раз ускоряют выборку.
Соответственно, если у вас есть регулярная выборка типа "все заказы пользователя", то по "пользователю" лучше (надо) индекс создать.
Заметьте, я описать только индексы, но FK - это не только индексы, это и контроль целостности, что тоже ресурсы (польза тоже бывает, но совсем не всегда и в простых приложениях типа инет-магазина скорее бессмысленна).