Вы немного путаете что к чему.
UEFI загрузчик это всего лишь файл в специальном ESP разделе. При установке на UEFI системе такой создаст при установке и Windows, и Ubuntu. Судя по всему, такой раздел был на том диске, что вы отформатировали (зря, конечно, вы это сделали таким образом, но это поправимо). Теперь у вас есть система на втором диске, но нет возможности в неё загрузиться.
Для восстановления нужна будет флэшка или диск с Ubuntu.
Исправить это можно двумя способами:
1) Использовать ESP раздел что создала Windows
2) Уменьшить размер раздела с Ubuntu на втором диске и создать там FAT32 раздел, после чего поставить флаг ESP (делается в графическом режиме в Gparted с Ubuntu Live USB)
Перед следующими операциями монтируем раздел с Ubuntu в
/mnt (например
mount /dev/sdb1 /mnt, зависит от количества дисков и разметки).
После того как определились с ESP разделом что будет использоваться для Ubuntu смотрите в Gparted (или в терминале выполнив
blkid) его UUID, редактируете
/etc/fstab в разделе с Ubuntu, сменяя UUID диска что монтируется в
/boot/efi.
После этого монтируете упомянутый раздел в
/mnt/boot/efi. Далее заходите в chroot и запускаете
dpkg-reconfigure grub-efi-amd64.
В chroot можно войти так:
mount --bind /dev /mnt/dev
mount --bind /proc /mnt/proc
mount --bind /sys /sys
chroot /mnt
После этого у вас должна появиться директория
/mnt/boot/efi/EFI/ubuntu и несколько файлов внутри. После этого Ubuntu должна быть доступна для загрузки в UEFI в меню выбора опций загрузки. Скорее всего GRUB2 подхватит Windows, так что можете сменить опцию по умолчанию на ubuntu если этого не случилось автоматически.
