Отправляю файлы с помощью rsync (ssh или rsyncd):
- отправляются только новые файлы или измененные
- файлы меняются атомарно, т.е. пользователь, который сделал запрос во время заливки файлов - гарантировано получит либо старый файл, либо новый. С обычным копированием по фтп есть вероятность зацепить не полностью залитый файл. А если этот неполный файл вдруг зацепит какой-нибудь opcache - ошибок будет выше крыши.