Oleg Genevjov: попробую побыть ясновидящим (сквозь пространство и нежелание показать хотя бы кусок кода где грузится fxml)
Практически уверен что до подключения ссылка (адрес в виде стринга) на fxml была
FXMLLoader loader = new FXMLLoader(getClass().getResource("com/blablabla/Some.fxml"));
Если да, то после подключения maven нужно поправить адрес *.fxml, а именно добавить слэш в начало:
FXMLLoader loader = new FXMLLoader(getClass().getResource("/com/blablabla/Some.fxml"));