Если есть свободный сервер, на него реплицировать базу как мастер-слейф, бэкапы сливать со слейфа, за одно будет горячий бэкап базы в случае факапа сервера.
гугл говорит
«При создании дампа базы данных в СУБД MySQL с помощью утилиты mysqldump она по умолчанию делает таблицы недоступными на запись на все время создания дампа. Это приводит к негативным последствиям...» первое что пришло на ум, может из-за блокировки падает?
Не вполне понятна изначальная задача. Сделать бакап? Или что бы не падал от mysqldump-а?
Просто кроме mysqldump-а в первом случае можно посоветовать
а) sypex dumper
или
б) mysqlhotcopy
Mysqldump — хорошая штатная утилита, но на таких объемах данных работает уже неудовлетворительно медленно.
Рекомендую посмотреть отличные презентации от Percona [1,2] и перейти на другое средство для резервного копирования/восстановления баз.