На сколько плоха идея хранить данные о платежах в MongoDB?
Очень плоха и в первую очередь, потому что у вас с ней мало опыта.
В худшем случае вы рандомно понатыкаете $isolated, findAndModify и тэдэ и получите расползание финансовых данных примерно сразу же. В лучшем - сделаете своими руками некое подобие движка распределенных транзакций ( плохого и забагованного ), а потом опять получите расползание финансовых данных.
У MongoDB богатая история критических багов, потери данных и огромное количество тонкостей, которое нужно учитывать в реальном продакшне.