Вот из-за того, чтобы подобные вопросы даже не возникали, я стараюсь не связываться с GPT. А если уж приходится, конвертирую в старый добрый MBR - и все проблемы куда-то деваются.
Нужно вначале создать руками EFI/MSR партиции на втором диске (с помощью diskpart) совпадающие по размерам с первым диском, потом появится возможность отзеркалить boot/system разделы. Потом надо будет скопировать содержимое EFI-партиции на второй диск (EFI остается обычной не зеркалированной партицией) и поменять информацию в BCD так, чтобы EFI-загрузчик искался на втором диске при загрузке со второго диска (иначе у тебя при выходе первого диска из строя система не будет грузиться со второго). Остальное тут https://support.microsoft.com/en-us/help/951985/ho...
Windows Server 2016
Windows Server 2016 - вторичный плекс
Если выбрать первый, грузит с первого, если второй, грузит со второго. Как понять с какого загрузился, не знаю, все выглядит одинаково, за что зацепиться не понял.
Выключил комп, отключил первый диск. Включил комп, при выборе первого пункта загрузки, пишет устройство не найдено, при выборе второго пункта начинает грузится с второго диска.
Подключил диск обратно, загрузился с первого меню, второй диск определился как "Чужой", зеркало развалилось (что ожидаемо), сейчас поставил переделывать зеркало.