если приложение простое, достаточно src/AppBundle, если посложнее то можно (и зачастую нужно) разбивать на бандлы и группировать как захочется, аля src/OrganizerBundle, src/AdminBundle и тд
p.s. если бандлов ожидается много, можно добавить еще уровень вложенности
src/Organizer/CoreBundle, src/Organizer/AdminBundle и тд
почитайте бест практики по поводу бандлов для
простого приложения
symfony.com/doc/current/best_practices/creating-th...
для сложных эти рекомендации неприменимы.
mycompanny:MyBundle - это стандартная заглушка со 2 версии, если просто название бандла оставить, думаю ничего не сломается