Лично мне, в силу отсутствия надобности, не приходилось ковырять код opencart'a, но очень сильно раздражает тот факт, что какой-нибудь эквайринг сбербанка там находится в виде платного модуля (давно это было, может что-то поменялось). На сколько помню там используется MVC для шаблона, в общем-то полезная порой вещь. В качестве плюса опенкарта могу отметить лишь тот факт, что это все-таки CMS конкретно под магазин, в отличие от Wordpress, в котором куда более расширенный функционал, который, однако, может и не использоваться, а ресурсы будут уходить.
Сам работаю с Woocommerce по нескольким причинам:
1. Внутренности любого шаблона довольно удобно сделаны, что позволяет очень быстро все редактировать. Добраться до какого-нибудь шаблона формы заказа при оформлении товара - просто, в опенкарте порой возникали трудности.
2. Наличие кучи готовых модулей вплоть до интеграции с 1с Предприятием. Очень удобно.
3. Те же оплаты кредитными картами (которые, тут плюс, у опенкарта стоят чуть ли не из коробки) можно внедрить использованием Яндекс.Кассы.
4. Реально каких-либо серьезных навыков программирования, чтобы развернуть свой ИНДИВИДУАЛЬНЫЙ магазин, не требуется. Достаточно лишь найти нужные плагины.
5. Возможность работать с woocommerce хуками иногда бывает крайне полезной.
6. Как правило любая проблема, которая у вас возникла, уже давно имеет решение, ибо коммьюнити, как мне кажется, у вукомерса больше, нежели у опенкарта.
P.S Хочу отметить, что это лишь мое мнение. Опыта работы с опенкартом было мало, попытался описать все, что за этот опыт успел увидеть.