Разрезать:
ffmpeg -i <input file> -ss <Start position> -to <End position> -c:v copy -c:a copy <out_file>
Время в секундах, разумеется. Можно указать не -to, а длительность фрагмента, смотри справку ffmpeg.
Работает с любыми аудио/видео файлами.
Склеить тоже можно, команду наизусть не помню, все есть в той же справке :)