Могу и ошибаться, но проблема наверное тут "user".orm.yml. Windows не разрешила/не смогла создать файлик с таким именем(и слеши спутаны Windows и Linux). На Ubunte проверил ситуацию с демо примером и вроде все работает:
1. из существующих entity создал базу данных:
bin/console doctrine:database:create
doctrine:schema:update --force
2. удалил папку demo/src/AppBundle/Entity
3. дальше по документации (у меня есть база и на ее основе хочу сгенерировать entity)
symfony.com/doc/current/doctrine/reverse_engineeri...
a). php bin/console doctrine:mapping:import --force AppBundle yml
b). php bin/console doctrine:mapping:convert annotation ./src
c). php bin/console doctrine:generate:entities AppBundle