Если то, что вы хотите сделать, должно (само-)загружаться, оно должно иметь загрузчик. Если вы хотите держать там "свои программки" (и видимо, проделывать с ними какие-то файловые операции), значит, там должна быть какая-то ОС, запускаемая этим загрузчиком - хотя бы в простейшем виде, одно ядро.
Наипростейшая ОС, легко помещающаяся на CD - это
Windows PE. Текущая версия WinPE сделана на основе "десятки", но были и предыдущие, на базе ХР и прочих (см.
Вики).
Конечно, Micrоsoft лицензировала WinPE для бесплатного использования только в ремонтно-диагностических целях (и посмотрите, сколько расплодилось инструментально-восстановительных сборок на её основе!), но никто не помешает вам использовать WinPE в сугубо личном пользовании для других целей.
