VnStat - довольно глючное поделие. Такой глюк я ловил при синхронизации времени на сервере. Когда понял в чем дело, я стал останавливать службу vnstat, синхронизировать время, запускать vnstat
Проверь, не включена ли синхронизация времени на роутере
Чтобы редактировать БД, её можно сначала экспортировать с помощью --exportdb (--xml или --json), изменить, а потом импортировать обратно с помощью --importdb