Давным давно в далекой далекой галактике..... в Unetbootin была галочка, при создании загрузочной флешки, "позволить системе сохранять изменения на диск", то есть в лайв режиме (без установки) убунта запоминала настройки и установленные пакеты. Для этого размечалось всё доступное пространство на флешке. Думаю что встроенная утилита это делает по умолчанию. От того и не влезает более ничего на неё. Попробуйте заново форматнуть флешку и создайте загрузочную другой программой, на пример той-же пресловутой Unetbootin, но запишите только образ, вероятно это решит проблему.
