Чувствую что у Вас все эти варианты объявлений и все эти фразы просто находятся в одной группе. Тогда при xls-выгрузке Яндекс перечисляет сначала все фразы, к которым подписывает одно и то же первое объявление из группы, а потом уже ниже перечисляет все оставшиеся объявления. Вы можете это понять, если посмотрите на ID объявления. То объявление, которое стоит напротив всех фраз будет иметь один ID.
Проще будет объяснить, конечно, если Вы приведёте скриншот для примера. Но если это так, то просто были неверно созданы объявления. Принцип "1 фраза - 1 объявление" подразумевает разнесение объявлений и фраз в отдельные группы.