/bin/bash - бинарный файл.
вы его каким-то неведомым (науке) способом подсовываете апачу, предположу, как скрипт.
апач вполне естественно не могёт его прочитать как скрипт, о чем и ругается...
в правильно заданном вопросе 90% ответа. ищи косяки в конфигах.
мне в btrfs понравились субволаймы.
в виртуалке обновился на 17.04, перед обновлением весь / "скопировался" в снапшотик с красивым именем, а в рабочем / произвелись обновления. коль не попрет обновка, есть бекап :)
технологии однако...