А нафига тогда модули вообще, если их не использовать? Уберите и собирайте все с помощью gulp-concat, это ведь очень весело — вручную определять порядок загрузки файлов и постоянно добавлять и убирать файлы в списке вручную:)
TypeScript, к сожалению или к счастью, не умеет собирать приложение в один файл — полагаясь на сторонние решения, которых много и которые представляют другие плюшки.
> У webpack + babel есть такая возможность — не использовать никакую систему, а используется собственный компоновщик.
Babel тут вообще не при чем, он тоже не умеет склеивать файлы. А в webpack нет такой «возможности», он использует уже существующие форматы модулей — из коробки поддерживаются amd, cjs и es6 (import/export и import()). Советую присмотреться, это хоть и головная боль поначалу, но вообще стоит того.
Средний
