Посмотрите в сторону Webpack. Он все соберет и склеит. Другой вопрос, что, быть может, функционал на разных страницах будет очень сильно отличаться - тогда js-файлов будет много. Другое дело, если вы делаете SPA. Но у вас несколько страниц сайта.
Насколько они разные? Если сильно - то лучше разные JS-файлы, чтобы не делать тучу проверок. Если похожие - то есть смысл сделать один JS-файл, обобщить общие части. А на разные просто сделать проверки - есть ли такой-то элемент или нет.