Как-то странно у вас база организована. Зачем бренд ссылается на товар? И каким образом это выглядит, когда под одним брендом несколько товаров? По уму это у товара должно быть поле id_бренда.
А проблема ваша решается, например, так:
SELECT *
FROM `items`
WHERE MATCH (`name`) AGAINST :searchString
OR `brand_id` IN (SELECT `id` FROM `brands` WHERE MATCH (`name`) AGAINST :searchString)