Обычно создается спец. файл, который подключается первой строкой во всех страничках (или index.php, если все запросы приходят в него). Например, init.php, он кладется в корневую директорию
сайта. Т.е. в ту, которая соответствует "
http://название_ресурса/". А в нем определяется константа, которая потом используется для подключения библиотек и т.п.
init.php
define('DOCROOT', realpath(dirname(__FILE__)) . DIRECTORY_SEPARATOR);
somepage.php
require_once('./init.php');
require_once(DOCROOT . 'lib/database.php');
Также, в init.php можно вынести другие глобальные настройки, например подключение к БД.