Вообще очень странно, что проблема возникает именно на retina-экране, а не наоборот. У меня есть Air с TN-матрицей и Retina 15", и на втором глазам заметно легче. По поводу вопроса можно попробовать следующее:
1. Покрутить настройки в параметрах Универсального доступа, но там кажется контрастность увеличивается.
2. Попробовать активировать режим Night Shift в настройках дисплея. Он переведёт экран в более теплые тона. Через 10-20 минут глаза уже не замечают желтизны, кажется, что белый цвет именно белый, но глазам может быть легче. Эффект похож на эффект от компьютерных очков с желтыми линзами.
3. Попробовать использовать эти самые компьютерные очки, подобрав нужные линзы. По идее они должны снимать усталость с глаз. Много пользовался одно время, до того, как перешёл на retina-экран.
4. Попробовать откалибровать монитор в соответствии с пожеланиями или скачать готовые профили, может один из них подойдёт лучше стандартного.
Но если перешли на retina-экран недавно, может это просто дело привычки, т.к. я не видел ещё экрана лучше и приятнее для глаз (зрение плохое).