0) NTFS. Если у Вас до сих пор FAT32 то идите искать ответ дальше.
1)Убрать у Всех права администратора, и заставить программу работать на юзера.
Прочитать
Нужно уметь устанавливать доступ к папкам.
Забомбить
Ну уж если пользователи неадекватные, то это виноваты не они, а Вы, так как Вы устроили эту анархию. Тогда уж лучше вообще удалить C:\ProgramData полностью! Если это школьный компьютер, а это школьный компьютер, то нафиг им вообще FineReader нужен. Лучше модули для Python'а им установите.