Смотрите сами:
1) не js , а UnityScript там, просто синтаксис похож на js.
2) все ассеты, плагины , библиотеки - куда проще найти в C# варианте.
3) не дай боже вам смешать c# и js в проекте, это можно и бывает даже, но это кошмар. Вызовы из одного в другой. очередность и прочие прелести(
4) пункт скорее к п.2 относится, но официальные туториалы от юнити почти все на С# уже делают.
А на выходе все равно почти под все платформы уже компилируется у них в баит код, так что все равно на чем пишете.