Что в вашем понимании означает "делать запросы sql файлу без СУДБ". Именно "запросы" изначально подразумевают что с этими "запросами" будет работать СУБД. Если вам просто необходимо залезть внутрь текстового варианта файл.sql то это уже обычный текстовый файл и можете его парсить как душе угодно но никаких "select * from some_table where name=example" уже не получится и не будет. Только по хардкору ручками разбирая что откуда и куда, если же всетаки сделаете некий формат запросов то поздравляю, у вас получился свой велосипед в виде своей собственной реализации СУБД без JDBC.