Лучше всего, действительно, PDF
Из собственного опыта скажу, что иллюстратор лучше взаимодействует с SVG форматами сторонних программ
С EPS все время были проблемы при открытии
Делаешь вектор в иллюстраторе. Затем либо через буфер обмена вставляешь в фотошоп в окне отмечаешь смарт объект. Либо импортируешь в шап файл аи пдф либо епс при этом фотошоп сс версии делает ссылку на исходник. В случае смарт объекта при двойном клике твоя иконка откроется в илле во втором случае можно обновлять файл, но этот способ я не особо юзал. Обычно хватает смарт объекта. Либо основной документ в илле, а картинки импортируются.