Не очень понятно чем мешает ссылка в письме. Но если хотите ее совсем убрать, то вам нужно зайти в папку app/views/mailer найти там файлы issue_add.html.erb и issue_edit.html.erb. В этих файлах есть строки
<%= l(:text_issue_added, :id => link_to("##{@issue.id}", @issue_url), :author => h(@issue.author)).html_safe %>
и
<%= l(:text_issue_updated, :id => link_to("##{@issue.id}", @issue_url), :author => h(@journal.user)).html_safe %>
link_to("##{@issue.id}", @issue_url) в этих строках добавляет ссылки в ваших письмах, либо замените этот метод на пустые кавычки, либо оставьте от него только "##{@issue.id}", что бы выводился только номер задачи но без ссылки.
Должно получиться так:
<%= l(:text_issue_updated, :id => "##{@issue.id}", :author => h(@journal.user)).html_safe %>