можно в рамках одного приложения (чтобы не терять модель бд и прочее) сделать два воркера
https://nodejs.org/api/cluster.html - один под express, другой под socket, если уж там все начнет тормозить, а ядер много. Хотя на самом деле вряд ли будет тормозить, если использовать только асинхронные методы.
Ну, или два приложения и один+ модуль вынесенный в отдельный репозиторий с общими вещами - моделью и т.п. тогда можно эти два приложения разнести по разным серверам.