Возможно проблема в umask рута (0022 по дефолту). Нюансы сейчас не помню (и никсы под рукой нет), но стоит погуглить как ACL взаимодействует с umask.
Попробуйте перед копированием ставить umask 0002 и сравнить результаты.
Поправка, эксперимент в ссш показывает, что не в маске дело как таковой, а в правах «группы» на исходном файле, которые и становятся маской. При копировании из не-юникс фс, права уже возьмутся из umask. Ман косвенно подтверждает.