Конкретно JS встроить нельзя. Сам PDF спроектирован для хранения документов в том виде, в котором должны видеть документ принтеры. Подгрузку информации с сайта реализовать не получится, PDF полностью оффлайн, от текста до шрифтов и изображений.
Впрочем, есть и неявные возможности PDF, например, ссылки на внешние документы, например, на другие PDF, лежащие в соседней папке. Пределы возможностей PDF следует искать в документации PostScript или его opensource-реализации
GhostScript.
