Банальный вопрос, но все же. Запускаю из-под Ubuntu сервер командой java -jar server.jar.
Далее идет информационный вывод в терминал, и сервер запускается. Вопрос: как его теперь остановить? Приглашения root@ubuntu:~# нет.
Да, и это у вас не сервис. Сервис или демон в терминах *nix - это некий процесс запускаемый специальным образом, специальной командой и предназначенный работать на фоне. В вашем случае, это просто консольная программа, до сервиса она еще не "дозавернута".