У вас настроен спам-фильтр в самом Thunderbird, и, видимо, используется общая спам-папка для всех эккаунтов. При переносе письма в эту папку Thunderbird удаляет его с сервера. Можно настроить в Thunderbird работу со спамом для эккаунта, чтобы спам переносился именно в серверную папку, тогда те письма, которые Thunderbird счел спамом будут переноситься в папку "Спам" на сервере.
