Попробуйте выставить переменные окружения:
GOOS=linux
GOARCH=amd64
Потом просто выполнить go build. Если у вас не используется сишных библиотек, должно собраться. Я так под Линуксом успешно собирал для Винды, только я выставлял, соответственно, GOOS=windows