Доброй ночи.
Чтобы не создавались директории в web/assets в конфигурационном файле, в разделе components пропишите
'assetManager' => [
'linkAssets' => true
]
Директории создаваться не будут, а будут создаваться ссылки на файлы. Это полезно при разработке, при каждой перезагрузке страницы будут обновляться css, js и прочие ресурсы.
Если хотите напрочь отключить, пишите так
'assetManager' => [
'bundles' => [
'yii\web\JqueryAsset' => [
'js'=>[]
],
'yii\bootstrap\BootstrapPluginAsset' => [
'js'=>[]
],
'yii\bootstrap\BootstrapAsset' => [
'css' => [],
],
],
],
Отключит и jquery и bootstrap.
Но я бы не советовал Вам так делать, yii2 подключает сам нужные jquery, js скрипты, без них будет не очень хорошо работать с yii2.
Можно ещё поиграться с настройками в AppAsset. Он расположен в корне приложения в директории assets.
Подробнее об этом файле и подключении разных css, js
здесь