Можно проверять текущий урл страницы и если это главная страница, не выводить заголовок.
Текущий каталог:
dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/reference/cmain/get...
Текущая страница:
dev.1c-bitrix.ru/api_help/main/reference/cmain/get...
Если страниц, на которых не нужно выводить заголовок может быть несколько, чтобы не лазить каждый раз в header, отслеживаем не урл, а какую-то переменную.
Например:
if ( !defined ( "SKIP_TITLE" ) ) {
$APPLICATION->ShowTitle(false);
}
а на нужной странице перед подключением пролога определяем константу:
define( "SKIP_TITLE", true );