У меня стоят плагины которые чистят и удаляют плагины нормально
Визуально или фактически (файлы + БД)? Вы проверяли?
Советую на каждый новый проект - накатывать с нуля.
Тогда - это будет корректно, чисто и правильно.
Можно хранить заранее сконфигурированный инсталлятор для разных типов сайта, но это менее рекомендуемый мной вариант.