Он не в Yii2 "лагает", а на той странице, которую выдает Yii2, в ней и следует искать проблему.
Я не посоветую профилирование поскольку сам им на практике пока ни разу не пользовался и не очень хочу, но обычную отладку уметь необходимо.
Yii чистый, только что установленный.
А страница тоже чистая, или проблема в конкретном "виджете"?
Анимация появления и исчезания занимает около 4-5 секунд.
Надо смотреть те скрипты которые он выдает, удаляя их по очереди, возможно где-то "кривое" решение вроде хуков на эти функции, которые и замедляют.
Другой способ - отлаживать сам jQuery но он сложный это уже потом если потребуется.
А иногда проблема вообще не там где ищете, может просто нагрузка на процессор высокая из-за чего-то другого. :)