1) Перенос контента на основной домен в подпапку domain.ru/subdomain/
2) Для subdomain.domain.ru сделать 301 редирект на соответствующие статьи domain.ru/subdamain/
Таким образом у нас и пути меняются, и веса перетекают по 301 редиректу на основной домен, и не отваливаются беклинки указывающие на старый домен.
Не знаю полностью картину ситуации, но этуже процедуру можно проделать частично (на примере пары статей) если вам нужно чтобы старый домен присутствовал в выдаче
PS. Альтернативный вариант, перенос статей и использовать rel canonical в статьях subdomain.domain.ru, но я за первый вариант.