Можно использовать любой, приводя данные к одинаковой размерности - например, забить пустоты во входной матрице нулями, отдельным значением None, самым распространенным значением и т.п.
Использовать входные данные переменной размерности можно, например, в LSTM сетях, но за такие трюки лучше не браться без некоторого опыта.