Как можно удалить класс из проекта во время сборки (соответственно и из всех мест, где он используется)?
Просто невозможно. В яве нет аналога #ifdef как в С\С++.
Можно выйти из этой ситуации по другому.
Делаете 3 проекта Release, Debug и Core.
В Core классы которые уже оттестированы и точно не нуждаются в дебаге.
В Debug все содержимое Core и классы которые нуждаются в дебаге.
В Release все содержимое Core и скопированные классы из Debug но вычищенные от самого дебага.