Файл не смотрел, но учтите что Base64 это текст, раскодированное же содержимое может быть и бинарным (картинка, к примеру).
Можете на PHP быстро раскодировать:
<?php
file_put_contents('/path/to/file.bin', base64_decode(file_get_contents('/path/to/file.txt')));