Понятие "модель" может сильно отличатся в различных системах и подходах, но грубо говоря нужен мэпепер(это то что про базы данных и как оно туда попадает) и сама логика модели(это про то как оно выглядит, как должно выглядеть(валидация), . Возможны еще вариации дополнительного слоя между ними.
Простейший и очень понятный пример тут:
https://github.com/slimphp/Tutorial-First-Applicat... , вообще советую изучить это приложение написанное на простейшем и мощном Slim Framework.
UPD: Хороший и правильный ответ на твой вопрос:
stackoverflow.com/questions/5863870/how-should-a-m...