Первое — QinQ не поддерживается на 2970. Feature Navigator Вам в помощь — tools.cisco.com/ITDIT/CFN/jsp/SearchBySoftware.jsp
Второе — если нужно прогнать через 2970 транзитом QinQ VLAN, то да, обязательно поднимать MTU на 4 байта (в стандартном вариант 2 vlan tag — inner и outer tag).
QinQ добавляет 4 байта.
На L2 понятия «фрагментация» не существует.
Как вы представляете себе обходные пути, помимо общего снижения размера содержимого пакетов?